Το EES δεν ισχύει για:
Πολίτες χωρών της ΕΕ
Υπηκόους της Ισλανδίας, του Λιχτενστάιν, της Νορβηγίας και της Ελβετίας.
Κατόχους αδειών διαμονής ή θεωρήσεων μακράς διαμονής σε χώρες Σένγκεν.
Επιπλέον, η Ιρλανδία και η Κύπρος δεν συμμετέχουν στο Σύστημα Εισόδου/Εξόδου (EES).